Năm 396, Tấn Hiếu Vũ Đế bị Trương Quý nhân giết chết[11]. Thái tử Tư Mã Đức Tông lên kế vị, xưng là Tấn An Đế. An Đế nhỏ tuổi lại bị dị tật, không thể nói được nên Tư Mã Đạo Tử nắm quyền mọi quyền lực trong ngoài, được thăng lên chức Thái phó, Dương châu mục[12]. Ông lại cho trục xuất Vương Nhã khỏi triều đường[13] và dùng Vương Quốc Bảo và Vương Tự, quản lý triều chính[14].

Thấy Vương Quốc Bảo bất tài được trong dụng, thứ sử hai Thanh, Duyện là Vương Cung không bằng lòng, thường dâng lời khuyên gián, làm Tư Mã Đạo Tử ghét[15]. Sang năm 397, Vương Cung liên kết cùng Ân Trọng Kham thảo phạt Vương Quốc Bảo. Tư Mã Đạo Tử lo sợ, bèn quyết tâm hi sinh Quốc Bảo, sai Tư Mã Thượng Chi tịch thu ấn quan của Quốc Bảo, rồi ép Quốc Bảo tự tử và giết chết Vương Tự. Vương Cung mới rút về Kinh Khẩu.

Tư Mã Đạo Tử bất bình với hành động của Vương Cung, bèn nghe theo lời của Tư Mã Thượng Chi, quyết định tăng cường quyền lực của Thừa tướng (tức chính Đạo Tử) và phái Tư mã Vương Du của mình làm Giang Châu thứ sử, cắt 4 quận thuộc Dự Châu của Dữu Giai giao cho Du[16]. Dữu Gia tức giận, sai con trai là Hồng đưa thư khuyên Cung cất quân tiêu diệt Tư Mã Thượng Chi.

Năm 398, Vương Cung liên kết với Dữu Giai, Hoàn Huyền và Ân Trọng Kham tiến quân về Kiến Khang nhằm tiêu diệt Vương Du và Tư Mã Thượng Chi. Tư Mã Đạo Tử phong cho con là Tư Mã Nguyên Hiển làm Chinh thảo đô đốc, cùng Tạ Diễm đưa quân chống trả, đồng thời sai Tư Mã Thượng Chi thảo phạt Dữu Giai. Giai bỏ trốn theo Hoàn Huyền.

Trong lúc đó, Tư Mã Nguyên Hiển dùng kế thuyết phục tướng dưới quyền của Vương Cung là Lưu Lao Chi, cuối cùng ông ta chấp nhận đầu hàng và đưa quân bắt được Vương Cung. Tư Mã Đạo Tử nghe được, muốn gặp mặt để chế giễu, nghe tin bọn Hoàn Huyền đã đến Thạch Đầu, vội xử chém ông ở Nghê Đường, Kiến Khang.

Tuy Vương Cung bị diệt nhưng thế lực của Hoàn Huyền, Ân Trọng Kham vẫn còn. Tả vệ tướng quân Hoàn Tu hiến kế nên gây hiền khích giữa Ân Trọng Kham với Hoàn Huyền và Dương Thuyên Kì. Đạo Tử nghe theo, bèn phong Hoàn Huyền là Thứ sử Giang châu, Ung châu, biếm Ân Trọng Kham làm Thứ sử Quảng châu. Về sau, Ân Trọng Kham rút quân, mối đe dọa đối với triều đình được hóa giải[17].